承諾書における「機関長」については、大学として本件への参加に責任を担うという観点から、学内で適切と判断される方に対応いただければ差し支えありません。例えば、助成契約に基づきEU側から助成金の一部又は全部の返金等を求められた場合に、当該契約に従い適切に対応する責任と権限を有する立場にあることが必要と考えられます。一般的には学長を想定していますが、承諾事項を履行する責任と権限を有する立場にあれば、機関長（研究所長等）での対応でも問題ありません。